Korijeni sukoba djelomično sežu do genocida u Ruandi 1994. godine, kada su ekstremisti iz etničke grupe Hutu ubili oko 800.000 ljudi, uglavnom Tutsija. Ruandska vojska je kasnije dvaput izvršila invaziju na Kongo, navodno kako bi eliminirala odgovorne za genocid, ali se time dodatno produbio sukob u regiji